截至2017年11月，上海海洋大学下设15个学院（部），设置39个本科专业及方向。专业包括：环境科学、生物技术、生物科学、生物科学（海洋生物）、水族科学与技术、水生动物医学、动物科学、水产养殖学、园林、海洋渔业科学与技术、环境工程、海洋技术、海洋技术（海洋测绘）、海洋科学（海洋管理）。
