学校由教育部于1982年创办，联合国儿童基金会予以资助支持，初名“南京特殊教育师范学校。2002年升格为大专院校，更名为“南京特殊教育职业技术学院”。2015年升格为普通本科高校，更名为“南京特殊教育师范学院”。
